ゲノムプロジェクト

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ゲノムプロジェクトとは、シークエンシングによって生物のゲノムの全塩基配列を解読しようとするプロジェクト。当初はヒトをはじめ、マウスや線虫などのモデル生物が主な対象であったが、多くの生物種に対象は拡大しつつある。各国の公的研究機関がチームを組んでプロジェクトを進行させるケースが多いが、イネや小麦などの主要農産物については企業による解読もなされた。

塩基配列情報は重要なものではあるが、それだけでは生物の理解には不十分であり、遺伝子領域や制御領域の認識、それらの役割の解明などを進めていくことが望まれる。これらの研究をポストゲノムと総称する。

ゲノムプロジェクトとモデル生物の一覧

後生動物 Metazoa

節足動物 Arthropoda:
- ネッタイシマカ（デング熱） Aedes aegypti
- ヒトスジシマカ Aedes albopictus
- Aedes triseriatus
- マダニ Amblyomma americanum
- ハマダラカ (マラリア) Anopheles gambiae: 2002年10月
- ミツバチ Apis mellifera ligustica
- カイコ Bombyx mori:2004年2月29日
- アカイエカ Culex pipiens
- キイロショウジョウバエ Drosophila melanogaster：BDGP, Celera, 2000年3月24日
- ツェツェバエ（トリパノソーマ） Glossina morsitans
- キョウソヤドリコバチ Nasonia vitripennis

脊索動物 Chordata:
- ウシ Bos taurus: 進行中
- イヌ Canis familiaris
- ウマ Equus caballus: 進行中
- ネコ Felis catus: 進行中
- ヒト Homo sapiens
- マウス Mus musculus:
- チンパンジー Pan troglodytes
- ラット Rattus norvegicus：2004年4月1日
- イノシシ、ブタ Sus scrofa
- ニワトリ Gallus gallus
- アフリカツメガエル Xenopus laevis
- アフリカツメガエル Xenopus tropicalis
- メダカ Oryzias latipes: 700 Mbp, NIG、東京大学, 2007年
- ゼブラフィッシュ Danio rerio: 進行中
- トラフグ Fugu rubripes: 365 Mbp
- ミドリフグ Tetraodon nigroviridis
- カタユウレイボヤ Ciona intestinalis

線形動物 Nematoda:
- マレー糸状虫（フィラリア） Brugia malayi
- Caenorhabditis briggsae
- Caenorhabditis elegans: 100.274 Mbp, サンガーセンター、ワシントン大学, 1998年

吸虫 Trematoda:
- 日本住血吸虫 Schistosoma japonicum
- マンソン住血吸虫 Schistosoma mansoni

植物 Plantae

シロイヌナズナ Arabidopsis thaliana
トマト Lycopersicon esculentum
タルウマゴヤシ Medicago truncatula
イネ Oryza sativa
ミヤコグサ Lotus japonicus
ポプラ Populus trichocarpa
ブドウ Vitis vinifera: 467.5 Mbp, フランス＆イタリア, 2007年

菌類 Fungi

子嚢菌 Ascomycota:
- アスペルギルス（コウジカビ類）Aspergillus fumigatus
- アスペルギルス・ニデュランス Aspergillus nidulans
- アスペルギルス Aspergillus parasiticus
- アスペルギルス Aspergillus terreus
- カンジダ Candida albicans
- カンジダ Candida glabrata CBS138
- Debaryomyces hansenii
- Fusarium sporotrichioides
- イネバカナエ菌病菌 Gibberella zeae PH-1
- Kluyveromyces lactis
- アカパンカビ Neurospora crassa
- ニューモシスチス・カリニ（カリニ肺炎） Pneumocystis carinii
- 出芽酵母 Saccharomyces cerevisiae
- 分裂酵母 Schizosaccharomyces pombe
- Yarrowia lipolytica
担子菌 Basidiomycota:
- クリプトコッカス Cryptococcus neoformans
- Phanerochaete chrysosporium
微胞子虫 Microsporidia:
- Encephalitozoon cuniculi

原生生物

アピコンプレックス門 Apicomplexa:
- Babesia bovis
- Eimeria tenella
- クリプトスポリジウム Cryptosporidium parvum
- クリプトスポリジウム Cryptosporidium hominis TU502
- Plasmodium berghei
- Plasmodium chabaudi
- 熱帯熱マラリア原虫（マラリア） Plasmodium falciparum
- サルマラリア原虫 Plasmodium knowlesi
- 三日熱マラリア原虫（マラリア） Plasmodium vivax
- Plasmodium yoelii
- Theileria annulata
- Theileria parva
- トキソプラズマ Toxoplasma gondii

Bacillariophyta（珪藻）:
- Thalassiosira pseudonana

Cryptophyta:
- Guillardia theta

Dictyosteliida:
- Dictyostelium discoideum

Diplomonadida:
- ランブル鞭毛虫 Giardia lamblia

Entamoebidae:
- 赤痢アメーバ Entamoeba histolytica

Rhodophyta（紅藻）:
- Porphyra yezoensis
- シアニディオシゾン Cyanidioschyzon merolae

Kinetoplastida:
- リーシュマニア（カラアザール） Leishmania major
- ガンビアトリパノソーマ（アフリカ睡眠病） Trypanosoma brucei
- クルーズトリパノソーマ（シャーガス病） Trypanosoma cruzi

真正細菌

2008年10月現在、真正細菌では780の菌株のゲノム解読が終了している。

古細菌

2008年10月現在、古細菌では53の菌株のゲノム解読が終了している。3ドメインの中では最も解読数が少ないが、発見種も少ないため解読された割合自体は最も高い。ほぼ全ての目に渡って解読種が存在する。詳細はゲノム配列が決定された古細菌の一覧を参照

細胞内小器官

葉緑体やミトコンドリアもそれぞれ独自にゲノムを持っており、これらについてのゲノムプロジェクトも進行している。

ウイルス

ウイルスは宿主の遺伝子に依存しているためゲノムサイズが小さい。2008年10月現在、ウイルスでは2700種のゲノム解読が終了している。

メタゲノム

メタゲノム解析は単一菌種の分離・培養過程を経ずに、微生物の集団から直接そのゲノムDNAを調製し、そのヘテロなゲノムDNAをそのままシークエンシングする。そのため、メタゲノム解析により従来の方法では困難であった難培養菌のゲノム情報が入手可能となった。

外部リンク

ゲノムプロジェクト進行状況データベース(英語)Template:Biosci-stub

de:Genomprojekt en:Genome project fr:Projet de séquençage de génome hi:जीनोम परियोजना nl:Genoomproject pt:Projeto Genoma

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